Das Museo Regional de Querétaro befindet sich im ehemaligen Kloster San Francisco. Das großartige Kloster aus dem 16. Jh. wurde einige Male umgestaltet und ist heute um drei Innenhöfe angelegt, die von bunten Mosaiken und Mandarinenbäumen geschmückt werden. Im Erdgeschoss ist die Abteilung für Archäologie und die Kultur der Otomí untergebracht. Im Obergeschoss ist die Sammlung von Gemälden aus dem 17. und 18. Jh. besonders interessant (Werke von Cristobal de Villalpando und Juan Correa). Mehrere Säle sind der Unabhängigkeit und dem traurigen Ende Maximilians I. Gewidmet.