Das Ende des 15. Jh. gegründete Dominikanerkloster war Sommerresidenz der katholischen Könige und Universitätssitz. Die einschiffige Kirche mit zwei Emporen birgt den Alabastersarkophag des Infanten Don Juan (1512, Domenico Fancelli). Über die Kreuzgänge - den extrem schlicht gehaltenen Novizenkreuzgang, den kleinen, intimen Kreuzgang des Schweigens und den majestätischen Kreuzgang der Könige (Orientalisches Kunstmuseum) - gelangt man zu den Emporen des Chors und des Hauptaltars, von wo aus man Pedro Berruguetes Meisterwerk, den Retabel des hl. Thomas von Aquin, aus der Nähe bewundern kann.